Difference between revisions of "Bioinformatik"

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==Verfeinerung mit refmac==
==Verfeinerung mit refmac==
===Hinzuf?gen eines Liganden zur Bibliothek===


Wenn ein neuer Ligand entdeckt wurde, der noch nicht in der Library enthalten ist spuckt refmac folgende Meldung aus:
Important, Important, Important!!!!!
Your coordinate file has a ligand which has either minimum or no description in the library
A new ligand description has been added to /tmp/$username/refmac5_temp1.XXXXXX.lib.cif
Picture of the new ligand can be viewed using postscript file. See above
Check description in this file and, if satisfied, use it as the input library
Otherwise either edit bond orders manually or use CCP4i Sketcher to view and edit the ligand
and create a library entry by running libcheck
It is strongly recommended that dictionary  entry should be checked carefully before using it
If you are happy with the library description then use the keyword (MAKE CHECK NONE)
I.e. do not check correctness of the coordinates
Das File $username/refmac5_temp1.XXXXXX.lib.cif sinnvoll umtaufen, und refmac mit dem Befehl LIBIN ?bergeben.
Im gleichen Verzeichnis findet sich auch ein PostScript file, das die Daten des neuen Molek?ls enth?lt.
M?gliche Ursachen f?r Fehlermeldungen:
*Besetzung = 0
*Leerzeichen nach / in der neu hinzugef?gten Zeile LIBIN
*...


=Nameskonventionen=
=Nameskonventionen=

Revision as of 01:05, 8 December 2005

Dateiformate

Reflexionsfiles

Strukturfiles

Dichtefiles

Skripten und HowTo

Konvertierung

Verfeinerung mit refmac

Nameskonventionen

Ordner

  • data R?ntgenrohdaten (Bilder)
  • datared (red=reduziert) hkl files

Kategorie:Bioinformatik