Difference between revisions of "Bioinformatik"

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=Programme=
*[[XDS]] Indexing
*[[HKL2000]] Indexing
*[[SHELX]] Phasing und Refinement für hohe Auflösungen
*[[CCP4]] Indexing, Phasing und Refinement ([[Refmac]]) und alles andere
*[[CNS]] Phasing Refinement
*[[coot]] Visualisierung und Modelling
*[[Pymol]] Visualisierung
*[[USF]] Programmpaket der Uppsala Software Factory
=Dateiformate=
=Dateiformate=
==Reflexionsfiles==
==Reflexionsfiles==
*[[hkl]] ---> [[SHELX]]
*[[hkl]] ---> [[SHELX]]
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==Dichtefiles==
==Dichtefiles==
* fcf in SHELX, sollte bald mit coot lesbar sein


==Skripten und HowTo==
==Skripten und HowTo==
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**[[Stereobilder]]
**[[Stereobilder]]
**[[C_alpha-Trace]]
**[[C_alpha-Trace]]
**[[Einfache Filme in Pymol]]
*refmac
*refmac
*[[Hinzuf?gen eines Liganden zur Bibliothek]]
**[[Hinzufügen eines Liganden zur Bibliothek]]


==Konvertierung==
==Konvertierung==
*XDSCONF (Teil von [[XDS]])
*XDSCONF (Teil von [[XDS]])
*[[f2mtz]] (Teil von [[CCP4]])
*[[f2mtz]] (Teil von [[CCP4]])
==Verfeinerung mit refmac==
===Hinzuf?gen eines Liganden zur Bibliothek===
Wenn ein neuer Ligand entdeckt wurde, der noch nicht in der Library enthalten ist spuckt refmac folgende Meldung aus:
Important, Important, Important!!!!!
Your coordinate file has a ligand which has either minimum or no description in the library
A new ligand description has been added to /tmp/$username/refmac5_temp1.XXXXXX.lib.cif
Picture of the new ligand can be viewed using postscript file. See above
Check description in this file and, if satisfied, use it as the input library
Otherwise either edit bond orders manually or use CCP4i Sketcher to view and edit the ligand
and create a library entry by running libcheck
It is strongly recommended that dictionary  entry should be checked carefully before using it
If you are happy with the library description then use the keyword (MAKE CHECK NONE)
I.e. do not check correctness of the coordinates
Das File $username/refmac5_temp1.XXXXXX.lib.cif sinnvoll umtaufen, und refmac mit dem Befehl LIBIN ?bergeben.
Im gleichen Verzeichnis findet sich auch ein PostScript file, das die Daten des neuen Molek?ls enth?lt.
M?gliche Ursachen f?r Fehlermeldungen:
*Besetzung = 0
*Leerzeichen nach / in der neu hinzugef?gten Zeile LIBIN
*...


=Nameskonventionen=
=Nameskonventionen=
==Ordner==
==Ordner==
*data R?ntgenrohdaten (Bilder)
*data Röntgenrohdaten (Bilder)
*datared (red=reduziert) hkl files
*datared (red=reduziert) hkl files
[[Kategorie:Bioinformatik]]
[[Kategorie:Bioinformatik]]

Latest revision as of 16:27, 12 January 2021

Programme

  • XDS Indexing
  • HKL2000 Indexing
  • SHELX Phasing und Refinement für hohe Auflösungen
  • CCP4 Indexing, Phasing und Refinement (Refmac) und alles andere
  • CNS Phasing Refinement
  • coot Visualisierung und Modelling
  • Pymol Visualisierung
  • USF Programmpaket der Uppsala Software Factory

Dateiformate

Reflexionsfiles

Strukturfiles

Dichtefiles

  • fcf in SHELX, sollte bald mit coot lesbar sein

Skripten und HowTo

Konvertierung

Nameskonventionen

Ordner

  • data Röntgenrohdaten (Bilder)
  • datared (red=reduziert) hkl files

Kategorie:Bioinformatik