Difference between revisions of "Bioinformatik"

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=Programme=
*[[XDS]] Indexing
*[[HKL2000]] Indexing
*[[SHELX]] Phasing und Refinement für hohe Auflösungen
*[[CCP4]] Indexing, Phasing und Refinement ([[Refmac]]) und alles andere
*[[CNS]] Phasing Refinement
*[[coot]] Visualisierung und Modelling
*[[Pymol]] Visualisierung
*[[USF]] Programmpaket der Uppsala Software Factory
=Dateiformate=
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==Reflexionsfiles==
==Reflexionsfiles==
*[[hkl]] ---> [[SHELX]]
*[[hkl]] ---> [[SHELX]]
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==Dichtefiles==
==Dichtefiles==
* fcf in SHELX, sollte bald mit coot lesbar sein


==Skripten und HowTo==
==Skripten und HowTo==
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**[[Stereobilder]]
**[[Stereobilder]]
**[[C_alpha-Trace]]
**[[C_alpha-Trace]]
**[[Einfache Filme in Pymol]]
*refmac
*refmac
**[[Hinzuf?gen eines Liganden zur Bibliothek]]
**[[Hinzufügen eines Liganden zur Bibliothek]]


==Konvertierung==
==Konvertierung==
*XDSCONF (Teil von [[XDS]])
*XDSCONF (Teil von [[XDS]])
*[[f2mtz]] (Teil von [[CCP4]])
*[[f2mtz]] (Teil von [[CCP4]])


=Nameskonventionen=
=Nameskonventionen=
==Ordner==
==Ordner==
*data R?ntgenrohdaten (Bilder)
*data Röntgenrohdaten (Bilder)
*datared (red=reduziert) hkl files
*datared (red=reduziert) hkl files
[[Kategorie:Bioinformatik]]
[[Kategorie:Bioinformatik]]

Latest revision as of 16:27, 12 January 2021

Programme

  • XDS Indexing
  • HKL2000 Indexing
  • SHELX Phasing und Refinement für hohe Auflösungen
  • CCP4 Indexing, Phasing und Refinement (Refmac) und alles andere
  • CNS Phasing Refinement
  • coot Visualisierung und Modelling
  • Pymol Visualisierung
  • USF Programmpaket der Uppsala Software Factory

Dateiformate

Reflexionsfiles

Strukturfiles

Dichtefiles

  • fcf in SHELX, sollte bald mit coot lesbar sein

Skripten und HowTo

Konvertierung

Nameskonventionen

Ordner

  • data Röntgenrohdaten (Bilder)
  • datared (red=reduziert) hkl files

Kategorie:Bioinformatik