Bioinformatik

Programme

• XDS Indexing
• HKL2000 Indexing
• SHELX Phasing und Refinement f?r hohe Aufl?sungen
• CCP4 Indexing, Phasing und Refinement (Refmac) und alles andere
• CNS Phasing Refinement
• coot Visualisierung und Modelling
• Pymol Visualisierung
• USF Programmpacket der Upsala Software Factory

Dateiformate

Reflexionsfiles

• hkl ---> SHELX
• mtz ---> CCP4

Strukturfiles

• Pdb Pdb Website
• mmCIF

Dichtefiles

• fcf in SHELX, sollte bald mit coot lesbar sein

Skripten und HowTo

• Pymol
  • Stereobilder
  • C_alpha-Trace
  • Einfache Filme in Pymol
• refmac
  • Hinzuf?gen eines Liganden zur Bibliothek

Konvertierung

• XDSCONF (Teil von XDS)
• f2mtz (Teil von CCP4)

Nameskonventionen

Ordner

• data R?ntgenrohdaten (Bilder)
• datared (red=reduziert) hkl files