Difference between revisions of "C alpha-Trace"

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Um mit Pymol C_alpha Traces zu erzeugen braucht man zun?chst eine pdb Datei, die nur die Atomkoordinaten der C_alpha Atome enth?lt.
Um mit Pymol C_alpha Traces zu erzeugen braucht man zun?chst eine pdb Datei, die nur die Atomkoordinaten der C_alpha Atome enth?lt.
Daf?r gibt es den Unix-Befehl grep:
grep CA protein.pdb > protein_CA.pdb
erzeugt aus einer Datei protein.pdb eine Datei protein_CA.pdb, die alle Zeilen der ?rspr?nglichen Datei enth?llt, den String CA enthalten. Diese Datei kann man nun maunell um den HEADER der Datei protein.pdb erg?nzen.
Die Datei protein_CA.pdb wird nun mit Pymol ge?ffnet.
mit den Befehlen:
set ribbon_trace,1
show ribbon
erh?lt man einen gegl?tteten C_alpha-Trace.
wer einen sch?n kantigen Trace bevorzugt, schickt noch ein
set ribbon_sampling,1
nach.

Revision as of 00:57, 8 December 2005

Um mit Pymol C_alpha Traces zu erzeugen braucht man zun?chst eine pdb Datei, die nur die Atomkoordinaten der C_alpha Atome enth?lt. Daf?r gibt es den Unix-Befehl grep:

grep CA protein.pdb > protein_CA.pdb

erzeugt aus einer Datei protein.pdb eine Datei protein_CA.pdb, die alle Zeilen der ?rspr?nglichen Datei enth?llt, den String CA enthalten. Diese Datei kann man nun maunell um den HEADER der Datei protein.pdb erg?nzen.

Die Datei protein_CA.pdb wird nun mit Pymol ge?ffnet. mit den Befehlen:

set ribbon_trace,1
show ribbon

erh?lt man einen gegl?tteten C_alpha-Trace. wer einen sch?n kantigen Trace bevorzugt, schickt noch ein

set ribbon_sampling,1 

nach.