Difference between revisions of "C alpha-Trace"
From wiki.erlangen.ccc.de
cccer>Tox (linkfix) |
cccer>Daizy m (Umlaute) |
||
| Line 1: | Line 1: | ||
Um mit [[Pymol]] C_alpha Traces zu erzeugen, | Um mit [[Pymol]] C_alpha Traces zu erzeugen, benötigt man zunächst eine pdb Datei, die nur die Atomkoordinaten der C_alpha Atome enthält. | ||
Dafür gibt es den Unix-Befehl grep: | |||
grep CA protein.pdb > protein_CA.pdb | grep CA protein.pdb > protein_CA.pdb | ||
erzeugt aus einer Datei protein.pdb eine Datei protein_CA.pdb, die alle Zeilen der | erzeugt aus einer Datei protein.pdb eine Datei protein_CA.pdb, die alle Zeilen der ursprünglichen Datei enthält, die mit dem String CA versehen waren. Diese Datei kann man nun maunell um den HEADER der Datei protein.pdb ergänzen. | ||
Die Datei protein_CA.pdb wird nun mit Pymol | Die Datei protein_CA.pdb wird nun mit Pymol geöffnet. | ||
Mit den Befehlen: | Mit den Befehlen: | ||
set ribbon_trace,1 | set ribbon_trace,1 | ||
show ribbon | show ribbon | ||
erhält man einen geglätteten C_alpha-Trace. | |||
Wer einen | Wer einen schön kantigen Trace bevorzugt, schickt noch ein | ||
set ribbon_sampling,1 | set ribbon_sampling,1 | ||
nach. | nach. | ||
[[Kategorie:Pymol HowTo]] | [[Kategorie:Pymol HowTo]] | ||
Revision as of 23:33, 20 January 2007
Um mit Pymol C_alpha Traces zu erzeugen, benötigt man zunächst eine pdb Datei, die nur die Atomkoordinaten der C_alpha Atome enthält. Dafür gibt es den Unix-Befehl grep:
grep CA protein.pdb > protein_CA.pdb
erzeugt aus einer Datei protein.pdb eine Datei protein_CA.pdb, die alle Zeilen der ursprünglichen Datei enthält, die mit dem String CA versehen waren. Diese Datei kann man nun maunell um den HEADER der Datei protein.pdb ergänzen.
Die Datei protein_CA.pdb wird nun mit Pymol geöffnet. Mit den Befehlen:
set ribbon_trace,1 show ribbon
erhält man einen geglätteten C_alpha-Trace. Wer einen schön kantigen Trace bevorzugt, schickt noch ein
set ribbon_sampling,1
nach. Kategorie:Pymol HowTo
