Difference between revisions of "C alpha-Trace"

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Um mit Pymol C_alpha Traces zu erzeugen braucht man zun?chst eine pdb Datei, die nur die Atomkoordinaten der C_alpha Atome enth?lt.
Um mit [[Pymol]] C_alpha Traces zu erzeugen, benötigt man zunächst eine pdb Datei, die nur die Atomkoordinaten der C_alpha Atome enthält.
Dafür gibt es den Unix-Befehl grep:
grep CA protein.pdb > protein_CA.pdb
erzeugt aus einer Datei protein.pdb eine Datei protein_CA.pdb, die alle Zeilen der ursprünglichen Datei enthält, die mit dem String CA versehen waren. Diese Datei kann man nun maunell um den HEADER der Datei protein.pdb ergänzen.
 
Die Datei protein_CA.pdb wird nun mit Pymol geöffnet.
Mit den Befehlen:
set ribbon_trace,1
show ribbon
erhält man einen geglätteten C_alpha-Trace.
Wer einen schön kantigen Trace bevorzugt, schickt noch ein
set ribbon_sampling,1
nach.
[[Kategorie:Pymol HowTo]]

Latest revision as of 16:27, 12 January 2021

Um mit Pymol C_alpha Traces zu erzeugen, benötigt man zunächst eine pdb Datei, die nur die Atomkoordinaten der C_alpha Atome enthält. Dafür gibt es den Unix-Befehl grep:

grep CA protein.pdb > protein_CA.pdb

erzeugt aus einer Datei protein.pdb eine Datei protein_CA.pdb, die alle Zeilen der ursprünglichen Datei enthält, die mit dem String CA versehen waren. Diese Datei kann man nun maunell um den HEADER der Datei protein.pdb ergänzen.

Die Datei protein_CA.pdb wird nun mit Pymol geöffnet. Mit den Befehlen:

set ribbon_trace,1
show ribbon

erhält man einen geglätteten C_alpha-Trace. Wer einen schön kantigen Trace bevorzugt, schickt noch ein

set ribbon_sampling,1 

nach. Kategorie:Pymol HowTo