Difference between revisions of "C alpha-Trace"

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Um mit [[Pymol]] C_alpha Traces zu erzeugen, ben?tigt man zun?chst eine pdb Datei, die nur die Atomkoordinaten der C_alpha Atome enth?lt.
Um mit [[Pymol]] C_alpha Traces zu erzeugen, benötigt man zunächst eine pdb Datei, die nur die Atomkoordinaten der C_alpha Atome enthält.
Daf?r gibt es den Unix-Befehl grep:
Dafür gibt es den Unix-Befehl grep:
  grep CA protein.pdb > protein_CA.pdb
  grep CA protein.pdb > protein_CA.pdb
erzeugt aus einer Datei protein.pdb eine Datei protein_CA.pdb, die alle Zeilen der urspr?nglichen Datei enth?lt, die mit dem String CA versehen waren. Diese Datei kann man nun maunell um den HEADER der Datei protein.pdb erg?nzen.
erzeugt aus einer Datei protein.pdb eine Datei protein_CA.pdb, die alle Zeilen der ursprünglichen Datei enthält, die mit dem String CA versehen waren. Diese Datei kann man nun maunell um den HEADER der Datei protein.pdb ergänzen.


Die Datei protein_CA.pdb wird nun mit Pymol ge?ffnet.
Die Datei protein_CA.pdb wird nun mit Pymol geöffnet.
Mit den Befehlen:
Mit den Befehlen:
  set ribbon_trace,1
  set ribbon_trace,1
  show ribbon
  show ribbon
erh?lt man einen gegl?tteten C_alpha-Trace.
erhält man einen geglätteten C_alpha-Trace.
Wer einen sch?n kantigen Trace bevorzugt, schickt noch ein
Wer einen schön kantigen Trace bevorzugt, schickt noch ein
  set ribbon_sampling,1  
  set ribbon_sampling,1  
nach.
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[[Kategorie:Pymol HowTo]]
[[Kategorie:Pymol HowTo]]

Latest revision as of 16:27, 12 January 2021

Um mit Pymol C_alpha Traces zu erzeugen, benötigt man zunächst eine pdb Datei, die nur die Atomkoordinaten der C_alpha Atome enthält. Dafür gibt es den Unix-Befehl grep:

grep CA protein.pdb > protein_CA.pdb

erzeugt aus einer Datei protein.pdb eine Datei protein_CA.pdb, die alle Zeilen der ursprünglichen Datei enthält, die mit dem String CA versehen waren. Diese Datei kann man nun maunell um den HEADER der Datei protein.pdb ergänzen.

Die Datei protein_CA.pdb wird nun mit Pymol geöffnet. Mit den Befehlen:

set ribbon_trace,1
show ribbon

erhält man einen geglätteten C_alpha-Trace. Wer einen schön kantigen Trace bevorzugt, schickt noch ein

set ribbon_sampling,1 

nach. Kategorie:Pymol HowTo