C alpha-Trace

From wiki.erlangen.ccc.de
Revision as of 18:49, 2 May 2006 by cccer>Tox (linkfix)

Um mit Pymol C_alpha Traces zu erzeugen, ben?tigt man zun?chst eine pdb Datei, die nur die Atomkoordinaten der C_alpha Atome enth?lt. Daf?r gibt es den Unix-Befehl grep:

grep CA protein.pdb > protein_CA.pdb

erzeugt aus einer Datei protein.pdb eine Datei protein_CA.pdb, die alle Zeilen der urspr?nglichen Datei enth?lt, die mit dem String CA versehen waren. Diese Datei kann man nun maunell um den HEADER der Datei protein.pdb erg?nzen.

Die Datei protein_CA.pdb wird nun mit Pymol ge?ffnet. Mit den Befehlen:

set ribbon_trace,1
show ribbon

erh?lt man einen gegl?tteten C_alpha-Trace. Wer einen sch?n kantigen Trace bevorzugt, schickt noch ein

set ribbon_sampling,1 

nach. Kategorie:Pymol HowTo