C alpha-Trace

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Um mit Pymol C_alpha Traces zu erzeugen, benötigt man zunächst eine pdb Datei, die nur die Atomkoordinaten der C_alpha Atome enthält. Dafür gibt es den Unix-Befehl grep:

grep CA protein.pdb > protein_CA.pdb

erzeugt aus einer Datei protein.pdb eine Datei protein_CA.pdb, die alle Zeilen der ursprünglichen Datei enthält, die mit dem String CA versehen waren. Diese Datei kann man nun maunell um den HEADER der Datei protein.pdb ergänzen.

Die Datei protein_CA.pdb wird nun mit Pymol geöffnet. Mit den Befehlen:

set ribbon_trace,1
show ribbon

erhält man einen geglätteten C_alpha-Trace. Wer einen schön kantigen Trace bevorzugt, schickt noch ein

set ribbon_sampling,1 

nach. Kategorie:Pymol HowTo