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'''XDS''' ist ein Programmpaket zur Auswertung von R?ngendaten.
'''XDS''' ist ein Programmpaket zur Auswertung von Röntgendaten.
==Unterprogramme==
XDS besteht aus acht Unterprogrammen
 
===XYCORR===
Das Programm dient zur Kalibrierung des Detektorsystems bezüglich der Laborkoordinaten; zu diesem Zweck werden die gemessenen Lochpositionen einer ausgerichteten Messing-Platte mit den zu erwarteten Positionen verglichen und eine Korrekturtabelle erstellt. Die Daten sind oft bereits bekannt, und werden vom Betreiber der Anlage zur Verfügung gestellt.
 
===INIT===
Es werden 3 Tabellen generiert, die für spätere Klassifizierungen von Pixeln notwendig sind (BLANK.pck, GAIN.pck und BKGINIT.pck); Anhand der ersten 30 Frames wird ein Anfangswert für das Hintergrundrauschen des Detektors berechnet. Weiterhin werden unzuverlässige Detektorbereiche bestimmt, welche in den meisten Fällen die Randbereiche betreffen oder durch den Beamstop hervorgerufen werden.
 
===COLSPOT===
Dieses Programm sammelt starke Reflexe aus einer Teilmenge der gemessenen Diffraktionsbilder. Dazu werden zuerst "strong pixels" aus den schwachen Pixeln des Hintergrundrauschens markiert, bevor sie schließlich zu einzelnen Reflexen zusammengefasst werden.
 
===IDXREF===
Mit Hilfe der Anfangsparameter aus XDS.inp und den in COLSPOT gesammelten Reflexen (SPOT.XDS) wird nun versucht, die Orientierung, Metrik und Symmetrie des Kristallgitters bzw. der Elementarzelle zu bestimmen. Die Indizierung findet zunächst in einer primitiv triklinen Zelle statt, mit dem Ziel, anhand einer generierten Bewertungstabelle mit geänderten Zellkonstanten das höchstsymmetrische Kristallsystem abzuleiten.
 
===DEFPIX===
Dieses Unterprogramm vergleicht alle Frames mit der in INIT erstellten Hintergrund-Tabelle (BKGINIT.pck) und definiert für jedes Bild unzuverlässige Regionen. Außerdem werden alle Pixel außerhalb des eingestellten Auflösungsbereichs selektiert und eleminiert.
 
===XPLAN===
Mit Hilfe der Tabellen XPARM.XDS und BKGPIX.pck kann das Programm eine Messstrategie entwerfen. Dabei wird für jeden Anfangs- und Endwinkel der Kristallrotation ein Schätzwert hinsichtlich der Datenvollständigkeit berechnet. Die Daten werden schließlich nach Auflösungsschalen sortiert und in der Datei XPLAN.LP abgelegt.
 
===INTEGRATE===
Die Intensitäten der einzelnen Bildpunkte werden zu Reflexintensitäten zusammengefasst. Die Indentifizierung der Reflexe erfolgt mittels der in IDXREF berechneten Indizierung. Zur besseren Abschätzung der Reflexintensitäten kommt das "Profilfitting" zum Einsatz. Hierzu werden die Reflexe in eine virtuelle dreidimensionale Box gelegt, welche in sieben äquivalente Teilstücke zerlegt wird. Mit den Intensitätswerten aus den Schnittebenen kann die Gesamtintensität interpoliert werden. In der Datei INTEGRATE.HKL finden sich alle Messwerte wieder.
 
===CORRECT===
Im letzten Unterprogramm werden mehrfach gemessene Reflexe gemittelt und einer Reihe von Korrekturfaktoren (Lorenzpolarisation, Luftabsorption und Ausmaß des Strahlenschadens) unterzogen. Auch die Konstanten der Elementarzelle werden einer Verfeinerung unterzogen. Schließlich kann die Qualität des Datensatzes über den berechneten R<sub>sym</sub>-Wert abgeschätzt werden. Liegt dieser Wert unterhalb 10% kann die Messung als qualitativ ausreichend angesehen werden.
 
 


==Weblinks==
==Weblinks==
[http://www.mpimf-heidelberg.mpg.de/~kabsch/xds/XDS.html Dokumentaion] zu XDS
[http://www.mpimf-heidelberg.mpg.de/~kabsch/xds/XDS.html Dokumentation] zu XDS
[[Kategorie:Bioinformatik]]

Latest revision as of 16:27, 12 January 2021

XDS ist ein Programmpaket zur Auswertung von Röntgendaten.

Unterprogramme

XDS besteht aus acht Unterprogrammen

XYCORR

Das Programm dient zur Kalibrierung des Detektorsystems bezüglich der Laborkoordinaten; zu diesem Zweck werden die gemessenen Lochpositionen einer ausgerichteten Messing-Platte mit den zu erwarteten Positionen verglichen und eine Korrekturtabelle erstellt. Die Daten sind oft bereits bekannt, und werden vom Betreiber der Anlage zur Verfügung gestellt.

INIT

Es werden 3 Tabellen generiert, die für spätere Klassifizierungen von Pixeln notwendig sind (BLANK.pck, GAIN.pck und BKGINIT.pck); Anhand der ersten 30 Frames wird ein Anfangswert für das Hintergrundrauschen des Detektors berechnet. Weiterhin werden unzuverlässige Detektorbereiche bestimmt, welche in den meisten Fällen die Randbereiche betreffen oder durch den Beamstop hervorgerufen werden.

COLSPOT

Dieses Programm sammelt starke Reflexe aus einer Teilmenge der gemessenen Diffraktionsbilder. Dazu werden zuerst "strong pixels" aus den schwachen Pixeln des Hintergrundrauschens markiert, bevor sie schließlich zu einzelnen Reflexen zusammengefasst werden.

IDXREF

Mit Hilfe der Anfangsparameter aus XDS.inp und den in COLSPOT gesammelten Reflexen (SPOT.XDS) wird nun versucht, die Orientierung, Metrik und Symmetrie des Kristallgitters bzw. der Elementarzelle zu bestimmen. Die Indizierung findet zunächst in einer primitiv triklinen Zelle statt, mit dem Ziel, anhand einer generierten Bewertungstabelle mit geänderten Zellkonstanten das höchstsymmetrische Kristallsystem abzuleiten.

DEFPIX

Dieses Unterprogramm vergleicht alle Frames mit der in INIT erstellten Hintergrund-Tabelle (BKGINIT.pck) und definiert für jedes Bild unzuverlässige Regionen. Außerdem werden alle Pixel außerhalb des eingestellten Auflösungsbereichs selektiert und eleminiert.

XPLAN

Mit Hilfe der Tabellen XPARM.XDS und BKGPIX.pck kann das Programm eine Messstrategie entwerfen. Dabei wird für jeden Anfangs- und Endwinkel der Kristallrotation ein Schätzwert hinsichtlich der Datenvollständigkeit berechnet. Die Daten werden schließlich nach Auflösungsschalen sortiert und in der Datei XPLAN.LP abgelegt.

INTEGRATE

Die Intensitäten der einzelnen Bildpunkte werden zu Reflexintensitäten zusammengefasst. Die Indentifizierung der Reflexe erfolgt mittels der in IDXREF berechneten Indizierung. Zur besseren Abschätzung der Reflexintensitäten kommt das "Profilfitting" zum Einsatz. Hierzu werden die Reflexe in eine virtuelle dreidimensionale Box gelegt, welche in sieben äquivalente Teilstücke zerlegt wird. Mit den Intensitätswerten aus den Schnittebenen kann die Gesamtintensität interpoliert werden. In der Datei INTEGRATE.HKL finden sich alle Messwerte wieder.

CORRECT

Im letzten Unterprogramm werden mehrfach gemessene Reflexe gemittelt und einer Reihe von Korrekturfaktoren (Lorenzpolarisation, Luftabsorption und Ausmaß des Strahlenschadens) unterzogen. Auch die Konstanten der Elementarzelle werden einer Verfeinerung unterzogen. Schließlich kann die Qualität des Datensatzes über den berechneten Rsym-Wert abgeschätzt werden. Liegt dieser Wert unterhalb 10% kann die Messung als qualitativ ausreichend angesehen werden.


Weblinks

Dokumentation zu XDS Kategorie:Bioinformatik