XDS

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XDS ist ein Programmpaket zur Auswertung von R?ntgendaten.

Unterprogramme

XDS besteht aus acht Unterprogrammen

XYCORR

Das Programm dient zur Kalibrierung des Detektorsystems bez?glich der Laborkoordinaten; zu diesem Zweck werden die gemessenen Lochpositionen einer ausgerichteten Messing-Platte mit den zu erwarteten Positionen verglichen und eine Korrekturtabelle erstellt. Die Daten sind oft bereits bekannt, und werden vom Betreiber der Anlage zur Verf?gung gestellt.

INIT

Es werden 3 Tabellen generiert, die f?r sp?tere Klassifizierungen von Pixeln notwendig sind (BLANK.pck, GAIN.pck und BKGINIT.pck); Anhand der ersten 30 Frames wird ein Anfangswert f?r das Hintergrundrauschen des Detektors berechnet. Weiterhin werden unzuverl?ssige Detektorbereiche bestimmt, welche in den meisten F?llen die Randbereiche betreffen oder durch den Beamstop hervorgerufen werden.

COLSPOT

Dieses Programm sammelt starke Reflexe aus einer Teilmenge der gemessenen Diffraktionsbilder. Dazu werden zuerst "strong pixels" aus den schwachen Pixeln des Hintergrundrauschens markiert, bevor sie schlie?lich zu einzelnen Reflexen zusammengefasst werden.

IDXREF

Mit Hilfe der Anfangsparameter aus XDS.inp und den in COLSPOT gesammelten Reflexen (SPOT.XDS) wird nun versucht, die Orientierung, Metrik und Symmetrie des Kristallgitters bzw. der Elementarzelle zu bestimmen. Die Indizierung findet zun?chst in einer promitiv triklinen Zelle statt, mit dem Ziel, anhand einer generierten Bewertungstabelle mit ge?nderten Zellkonstanten das h?chstsymmetrische Kristallsystem abzuleiten.

DEFPIX

Dieses Unterprogramm vergleicht alle Frames mit der in INIT erstellten Hintergrund-Tabelle (BKGINIT.pck) und definiert f?r jedes Bild unzuverl?ssige Regionen. Au?erdem werden alle Pixel au?erhalb des eingestellten Aufl?sungsbereichs selektiert und eleminiert.

XPLAN

Mit Hilfe der Tabellen XPARM.XDS und BKGPIX.pck kann das Programm eine Messstrategie entwerfen. Dabei wird f?r jeden Anfangs- und Endwinkel der Kristallrotation ein Sch?tzwert hinsichtlich der Datenvollst?ndigkeit berechnet. Die Daten werden schlie?lich nach Aufl?sungsschalen sortiert und in der Datei XPLAN.LP abgelegt.

INTEGRATE

Die Intensit?ten der einzelnen Bildpunkte werden zu Reflexintensit?ten zusammengefasst. Die Indentifizierung der Reflexe erfolgt mittels der in IDXREF berechneten Indizierung. Zur besseren Absch?tzung der Reflexintensit?ten kommt das "Profilfitting" zum Einsatz. Hierzu werden die Reflexe in eine virtuelle dreidimensionale Box gelegt, welche in sieben ?quvalente Teilst?cke zerlegt wird. Mit den Intensit?tswerten aus den Schnittebenen kann die Gesamtintensit?t interpoliert werden. In der Datei INTEGRATE.HKL finden sich alle Messwerte wieder.

CORRECT

Im letzten unterprogramm werden mehrfach gemessene Reflexe gemittelt und einer Reihe von Korrekturfaktoren (Lorenzpolarisation, Luftabsorption und Ausma? des Strahlenschadens) unterzogen.Auch die Konstanten der Elementarzelle werden einer Verfeinerung unterzogen. Schlie?lich kann die Qualit?t des Datensatzes ?ber den berechneten Rsym-Wert abgesch?tzt werden. Liegt dieser Wert unterhalb 10% kann die Messung als qualitativ ausreichend angesehen werden.


Weblinks

Dokumentaion zu XDS Kategorie:Bioinformatik